隨著深化新三板改革各項措施的落地實施，對掛牌公司治理水平提出了更高的要求，進一步積極推動市場健康穩定發展。全國股轉公司數據顯示，截至11月22日，新三板掛牌公司數量共達9120家，其中基礎層8447家，創新層673家。本次《全國中小企業股份轉讓系統掛牌公司治理規則(征求意見稿)》(以下簡稱《掛牌公司治理規則》)的修訂，對不同層級掛牌公司實行差異化的治理標準，有望力促掛牌公司不斷提升治理水平。
資深新三板評論人、北京南山投資創始人周運南對《證券日報》記者表示，全國股轉系統經過6年多的發展，在近萬家的掛牌公司中，包含的中小企業數量超過90%以上，多年來為我國實體經濟發展和轉型升級做出了重要貢獻。
值得一提的是，本次的《掛牌公司治理規則》既圍繞公司治理的“基本程序、基本規范、基本標準”，規定統一適用于各層級掛牌公司的治理要求，又針對特定類型公司提出特別要求。
針對一般性的治理規定方面，周運南認為，《掛牌公司治理規則》，一是細化“三會”運作的基本程序。股東大會、董事會和監事會是公司治理的組織載體，規則對“三會”的通知、召集、主持、表決等重要環節做出了具體要求。二是明確董事、監事和高級管理人員等“關鍵主體”的任職管理和行為規范;明確控股股東及實際控制人不得利用其控制權，通過資金占用等方式損害掛牌公司及中小股東的合法權益。三是規定董事會、股東大會對重大交易、關聯交易的審議標準，確立了不得越權決策的基本要求。
另外，對于公司治理的特殊要求方面，中國國際科促會理事布娜新在接受《證券日報》記者采訪時表示，一是引入特殊投票、計票方式，充分保障中小股東的參與權，尊重中小股東的意見表達。精選層、創新層公司以及股東人數超過200人的基礎層公司，股東大會在審議影響中小股東利益的重大事項時，應當進行單獨計票;精選層公司召開股東大會應當提供網絡投票方式，創新層、基礎層公司審議需要進行單獨計票事項的，也應當安排網絡投票;精選層公司在選舉董事、監事時應當實行累積投票制。二是引入獨立董事制度，規定精選層公司應當設立獨立董事。三是明確符合條件的掛牌公司可以設置表決權差異安排，但相關安排的設置、運行和投資者保護要求，需遵守全國股轉系統有關規定。
在布娜新看來，有差異化的監管安排才是對投資者的真正保護，也代表著從“粗放發展”走向了“精耕細作”。精選層推出后，會實現每個層級監管內容的優先級分化，層級越高對中小股東的保護程度越高，投資者可能更容易區分公司風險、行使權利。
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